1992 წელს გაიხსნა ქუთაისის პოლიტექნიკური ინსტიტუტის დაუსწრებელი სწავლების ფოთის ფილიალი ქუთაისის პოლიტექნიკური ინსტიტუტის რექტორის პროფესორ ა. კოსტავასა და ფოთის საზღვაო-სავაჭრო ნავსადგურის უფროსის ვ. გეგიძის ინიციატივით. ფილიალის დირექტორად დაინიშნა ქუთაისის პოლიტექნიკური ინსტიტუტის პროფესორი ვ. გოგაძე.
1994 წელს გაიხსნა დასწრებული სწავლების ფაკულტეტი და აღნიშნული ფილიალი გადაკეთდა ქუთაისის ტექნიკური უნივერსიტეტის ფოთის სასწავლო-სამეცნიერო ინსტიტუტად. მას სათავეში ჩაუდგა პროფესორი ვ. საღინაძე.
1997 წლის 30 იანვარს დაფუძნდა ქუთაისის ტექნიკური უნივერსიტეტის ფოთის საინჟინრო-ეკონომიკური ინსტიტუტი და გატარდა რეგისტრაციაში ქ. ფოთის მერიის კაბინეტის დადგენილების (№ 1/02 1997 წლის 30 იანვარი) საფუძველზე.
საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 23 თებერვლის №39 დადგენილების თანახმად განხორციელდა საჯარო სამართლის იურიდიული პირების - ქუთაისის აკაკი წერეთლის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტისა და ქუთაისის ნ. მუსხელიშვილის სახელობის სახელმწიფო ტექნიკური უნივერსიტეტის რეორგანიზაცია მათი გაერთიანების გზით. საგანმანათლებლო დაწესებულებას სტატუსად განესაზრვრა უნივერსიტეტი და ეწოდა აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტი. ფოთის საინჟინრო ეკონომიკურ ინსტიტუტს მიენიჭა აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ფილიალის სტატუსი.
2007 წლის 20 სექტემბერს აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორის, პროფ. გიორგი ონიანის ბრძანების საფუძველზე ფოთის საინჟინრო-ეკონიმიკური ინსტიტუტის ნაცვლად შეიქმნა აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივესიტეტის საზღვაო-სატრანსპორტო ფაკულტეტი, რომელიც ახორციელებს პროფესიული უმაღლესი განათლების პროგრამებს.
